Dentro del orden institucional, el caso de la Función Judicial es el más crítico y el que más afecta al pueblo ecuatoriano. En 1997 un referéndum aprobó un sistema de oposición y méritos que debía ser ratificado- no alterado- por el Congreso Nacional; sin embargo, se integró una de las Cortes Supremas de Justicia más politizadas de la historia. Luego, en el gobierno del presidente Gutiérrez, se logró la desestabilización total.
En esas extremas condiciones, con asistencia internacional y un procedimiento al margen de la Constitución, se logró completar una función de la que carecía el Ecuador.
Sin embargo, desde que se inició el proceso del referéndum y la aprobación de la Constitución, la mayoría de sus miembros ha mantenido contradictorias posiciones: renuncia colectiva antes que someterse a la ruleta para continuar en sus cargos; manifestación de algunos conjueces para sustituir a los renunciantes y participar en el sorteo y en los vaticinios de los magistrados sobre el caos procesal y judicial que se avecina sobre la República. Actitudes que han transitado entre la dubitación y, probablemente en algunos casos, en aspirar a permanecer en las altas instancias de la administración de justicia del país , aceptando las nuevas reglas de juego .
Con la vigencia de la nueva Constitución puede que se haya descoyuntado todo el sistema judicial. En estas circunstancias, ahora solo procede someterse al absurdo sorteo y expedir resoluciones que reparen los daños ocasionados en el texto principal, en la Disposiciones Transitorias y en el Régimen de Transición. Será de responsabilidad de la Comisión de Legislación y Fiscalización resolver este problema, con el gravísimo riesgo de regresar a las peores épocas de politización de la justicia ecuatoriana.